El 20 de abril de 1667, ya enfermo de gravedad, en el Hospital de Nuestra Señora de Belén, el Hermano Pedro dictó y firmó su testamento, en el que pidió de caridad que se le entierre en la Iglesia del Señor de San Francisco El Grande, en el lugar de sepultura de los religiosos de la Tercera Orden. El Hermano Pedro murió el 25 de abril de 1667.

Con motivo de los trabajos de reconstrucción y reparación del mismo Templo, los restos mortales del Hermano Pedro se trasladaron a diferentes capillas en los años 1686, 1692 y 1817.

El Templo y el Convento de San Francisco sufrieron daños considerables por el terremoto ocurrido en 1773. En la actualidad, el Templo se encuentra parcialmente reconstruido y es el lugar que más visitan los fieles devotos. El Convento se encuentra en ruinas.

El 28 de octubre de 1990, después del último reconocimiento canónico, los restos mortales del Hermano Pedro fueron colocados en un sepulcro especial construido en la Capilla de la Vera Cruz, que en la actualidad se conoce como Santuario del Santo Hermano Pedro, en el Templo de San Francisco.

El 30 de julio de 2002, en su Tercera Visita Apostólica a Guatemala, Su Santidad el Papa Juan Pablo II celebró la Santa Eucaristía para la Canonización del Beato Hermano Pedro de San José Betancur.

La presencia de los restos mortales del Santo Hermano Pedro es la razón por la que el señor Arzobispo de Guatemala, Su Excelencia Monseñor Rodolfo Quezada Toruño, el 30 de julio de 2003, elevó el Templo de San Francisco a Santuario Arquidiocesano.

En la actualidad, el Templo de San Francisco, Santuario del Santo Hermano Pedro, es el lugar en el que convergen devotos peregrinos, de diferentes culturas e idiomas, para visitar el Sepulcro en el que se encuentran los santos restos del Hermano Pedro.

El ingreso al Santuario también puede hacerse por la puerta ubicada en el lado norte del Templo de San Francisco, es decir, por las ruinas de lo que fue la Capilla de la Concepción, lugar que en la actualidad se conoce como Jardín del Santo Hermano Pedro, en donde se colocó, en su memoria, una escultura de bronce fundido.

Fieles creyentes manifiestan un gran fervor religioso en la veneración del Santo Hermano Pedro, pues tocan el sepulcro como para advertir su presencia y así contarle sus penas y alegrías, pidiéndole ayuda material y espiritual, o agradeciéndole su intercesión por las bendiciones recibidas de Dios. También colocan velas de diferentes colores, que representan una petición especial dependiendo de las necesidades de la persona.

En la misma sepultura también se encuentra un vidrio, que los fieles devotos tocan como para advertir su presencia; y una reja, sobre la que los creyentes dejan algún objeto como gratitud por un milagro recibido o como súplica de una intercesión.

Vidrio y reja en el sepulcro actual del Santo Hermano Pedro

Recordando en la historia...

Según se señaló, los restos mortales del ahora Santo Hermano Pedro fueron trasladados a diferentes capillas en distintas épocas. En un pasillo del Templo de San Francisco, puede apreciarse el lugar que correspondió a la quinta sepultura de esos restos, durante el período comprendido del 25 de abril de 1817 al 14 de octubre de 1990, porque fueron trasladados al sepulcro en el que actualmente se encuentran, a partir del 28 de octubre del último año citado. Como referencia, cabe indicar que el Hermano Pedro murió el 25 de abril de 1667.

Anualmente, cada 25 de abril, en conmemoración de un aniversario más de la muerte del Santo Hermano Pedro, las puertas de madera de esa quinta sepultura son abiertas y los feligreses pueden observar su interior, apreciando una vela blanca encendida como símbolo de veneración. También, formando parte de la alegoría se incluyen flores y, además, puede contemplarse la enunciación de las palabras Pobreza, Humildad, Alegría, Sencillez y Servicio, que resaltan las virtudes del mismo santo varón y que motivan a la reflexión.

Asimismo, se hace la exposición de una Galería de Pinturas que corresponde a obras originales realizadas por el autor contemporáneo guatemalteco Luis Alberto De León y León, en las que representa aspectos relacionados con la vida y obra de aquel humilde Terciario franciscano. Entre esas pinturas se encuentra la que expresa: Muerte del Hermano Pedro, colocada al fondo de la mencionada sepultura, en la que también se enuncia: Fundador de la Orden Bethlemita.

Las referidas obras se encuentran normalmente expuestas en una Galería de Pinturas en Posada Belén.

Los textos de la mencionada Pintura, son:

En el mismo Santuario se aprecia un vitral y una placa conmemorativa "in memoriam" dedicada por los Frailes Franciscanos OFM; Hermanos y Hermanas Bethlemitas.

La Orden de Frailes Menores, OFM, o Frailes Franciscanos, fundada por San Francisco de Asís en 1209, es una fraternidad que se obliga a llevar una vida radicalmente evangélica, es decir: en espíritu de oración, devoción y comunión fraterna; a dar testimonio de  penitencia y minoridad; a abrazar en la caridad a todos los hombres; a anunciar el evangelio al mundo entero, predicando con obras la reconciliación, la paz y la justicia; y a mostrar un sentido de respeto hacia la creación.

En ese sentido, el Santo Hermano Pedro quiso vivir el espíritu de esa fraternidad siendo Terciario franciscano (Tercera Orden de Penitencia de San Francisco), o sea, viviendo como seglar, sin entrar en un convento. Pero al final de su vida instituyó, con sus compañeros religiosos, la Orden Bethlemita, la primera orden hospitalaria en América latina.